Kohlendioxid ist auch ein Nährstoff für Pflanzen. Durch zuviel Wasserbewegung wird CO₂ jedoch aus dem Wasser ausgetrieben. Dadurch kann es zu einer Mangelversorgung der Wasserpflanzen mit diesem Stoff kommen und es kann Ursache für ein übermäßiges Algenwachstum sein.

Tagsüber wird CO₂ von den Wasserpflanzen aufgenommen und dafür Sauerstoff abgegeben (Photosynthese). Nachts ist dieser Prozess umgekehrt.

CO₂ ist auch das Produkt der Atmung von Fischen. Kohlendioxid hat einen nicht geringen Einfluss auf den pH-Wert.