Der Teichfilter sollte regelmäßig, aber nicht zu oft, gereinigt werden. Dabei sollten die Filtermaterialien zunächst von den groben Verschmutzungen befreit und anschließend in dafür abgeschöpftem Teichwasser gereinigt werden. In Teichwasser, weil man mit Frischwasser die die Filterwirkung unterstützende Bakterienflora zu stark schädigen könnte (gilt erst recht für heißes Wasser). Aus dem gleichen Grund sollten die Filtermaterialien auch nicht zu gründlich und vor allem nicht mit Desinfektionsmitteln gereinigt werden.

Die Reinigung sollte nicht gleichzeitig mit einem (Teil-)Wasserwechsel durchgeführt werden (zu große Störung der Nitrifikation).

Man sollte zur Schonung der Filter-Bakterien auch bei einem Mehrkammerfilter nicht alle Kammern auf einmal reinigen, sondern in einem gewissen zeitlichen (in Tage gerechneten) Abstand. Der (meist mechanisch wirkende) Grob- bzw. Vorfilter sollte häufiger gereinigt werden als die (biologisch wirkenden) folgenden Filterstufen.

Ein Druckfilter kann nur in Gänze gereinigt werden. Dabei sollte man die o.a. Reinigungsmethoden bzw. -hinweise beachten. Ein Teil der feineren Filtermaterialien sollte also nicht zu gründlich gereinigt werden. Vor Abnehmen des Deckels sollte auf jeden Fall die Pumpe und ein evtl. darin befindlicher UVC-Klärer (sonst evtl. Überhitzung durch Trockenlauf) ausgeschaltet werden.